CID 51 Modélisation, et analyse des données et des systèmes biologiques : approches informatiques, mathématiques et physique

XII. Constats et recommandations

La France a des atouts importants dans les domaines de recherche associés à la bioinformatique et à la modélisation en biologie. La formation des étudiants aux mathématiques y est plus poussée qu'ailleurs et la robustesse du système de recherche français aux effets de mode devraient faciliter l'établissement de projets interdisciplinaires ambitieux. Pour favoriser ces développements, nous proposons une série de mesures destinées à contrer les verrous mentionnés ci-dessus :

Introduction à l'interdisciplinarité. Les thématiques interdisciplinaires devraient être systématiquement introduites dès le niveau licence en mathématiques, informatique et physique pour susciter des vocations et permettre d'acquérir une double culture très tôt. Il faudra aussi proposer aux biologistes une offre plus complète de formations interdisciplinaires pour approfondir les connaissances biologiques tout en assurant une bonne formation aux autres disciplines et aux techniques de modélisation des systèmes vivants.

Formation doctorale. Augmenter le nombre de thèses en co-encadrement et de thèses interdisciplinaires permettrait aux étudiants d'être confrontés à différentes pratiques de la science dès le doctorat. En outre, le regroupement des équipes d'accueil en écoles doctorales disciplinaires rend difficile la co-existence d'étudiants et encadrants de différentes disciplines dans les mêmes équipes. La création d'écoles doctorales (ou de programmes doctoraux) permettant l'encadrement de thèses interdisciplinaires sans que les encadrants sortent de leur école doctorale disciplinaire (à l'image de l'école doctorale Frontières du Vivant) faciliterait la formation d'étudiants à l'interface des disciplines.

Recrutement. Le recrutement est un élément central pour le développement des nouveaux domaines à l'interface et la pénurie actuelle de postes risque de freiner sérieusement leur essor. Les CIDs permettent au CNRS de réaliser des recrutements sur la base de jurys interdisciplinaires et certaines universités créent aussi des comités de sélection appropriés. Il est important que la pénurie de postes ne se traduise pas par un recentrage des unités de recherche et des UFRs uniquement sur leur cœur de compétence. Cela serait un mauvais signal pour les développements interdisciplinaires qui sont pourtant à l'origine de beaucoup d'avancées récentes.

Affiliations. Étant le seul établissement national réunissant toutes les disciplines scientifiques, le CNRS se doit de jouer un rôle majeur dans le développement de la modélisation et l'analyse de données en biologie. Néanmoins, même au sein du CNRS plusieurs obstacles compliquent le développement de projets interdisciplinaires. Le rattachement des laboratoires aux instituts complique la mobilité thématique des chercheurs qui se retrouvent dans une unité dont les ressources et les ITA sont associés à l'institut d'affiliation principale et dont les sections d'évaluation ne coïncident pas avec les leurs. Cela pourrait se résoudre en développant la double affiliation des équipes et des chercheurs au sein des UMR. De tels systèmes ont permis aux États-unis et au Royaume Uni de développer beaucoup plus vite les domaines interdisciplinaires en biologie, par exemple en biologie des systèmes. De même, un enseignant-chercheur devrait pouvoir, s'il le souhaite, appartenir à plusieurs UFR et être évalué par plusieurs sections du CNU. Des sections interdisciplinaires dans le CNU, à l'image des CID, favoriseraient aussi une évaluation correcte des enseignants-chercheurs à l'interface. À l'image des équipes-projets INRIA hébergées dans des unités CNRS, la création d'équipes préférentiellement rattachées à un institut au sein d'unités rattachées à un autre institut rendrait les disciplines plus perméables entre elles.

Évaluation. Les équipes interdisciplinaires sont rarement évaluées par des jurys couvrant l'ensemble de leurs domaines de compétence et cela nuit à la qualité de l'évaluation. Il faudra que les décisions de composition de ces jurys prennent en compte l'existence de ces équipes au sein de structures plus vastes. L'HCERES devrait favoriser spécifiquement dans ses évaluations les efforts d'interdisciplinarité.

Financement. Il y a actuellement peu de sources de financement favorisant spécifiquement l'interdisciplinarité. Des appels à projets pour des montants plus importants que les PEPS permettraient aux réseaux interdisciplinaires de se constituer avant d'essayer des appels d'offre ANR ou autres. La création de jurys interdisciplinaires à l'ANR favoriserait le développement de projets de qualité à l'interface. Des systèmes de financement du genre ATIPE ou ANR Jeunes Chercheurs pour des projets fortement interdisciplinaires avec des jurys adaptés constitueraient aussi une incitation importante.

Structuration de la communauté. Beaucoup d'équipes interdisciplinaires sont de petite taille et se retrouvent isolées au sein d'unités fortement disciplinaires. La création de structures d'échanges entre disciplines pourrait passer par la création de lieux de rencontre institutionnels et des possibilités d'immersion dans des laboratoires d'autres disciplines sur des périodes longues. Dans ce contexte, la création de groupements de recherche spécifiquement interdisciplinaires, donc affiliés à plusieurs instituts ou à la direction du CNRS, favoriserait la structuration de la communauté. La création d'un répertoire national accessible avec l'information et les contacts des GdR existants augmenterait aussi leur capacité à regrouper la communauté. De même les possibilités de délégation au CNRS pour les enseignants-chercheurs d'autres domaines scientifiques devraient être développées (et évaluées par des comités interdisciplinaires).

Relations entre plate-formes, biologistes et chercheurs en modélisation. La dernière décennie a vu la création de très nombreuses plate-formes de bioinformatique en France. Cela n'a cependant pas été accompagné de la création d'un nombre suffisant de postes permanents, ce qui fait peser, parfois lourdement, la gestion de ces plate-formes sur les chercheurs ou enseignants-chercheurs. De plus, l'absence de mécanismes permettant le transfert de connaissances entre les laboratoires de bioinformatique et les plate-formes, quand ils ne sont pas co-localisés, a éloigné certains chercheurs en bioinformatique des plate-formes et parfois aussi des expérimentateurs en biologie. Ainsi, l'Institut Français de Bioinformatique n'a été pourvu d'aucune mission en relation avec la recherche en bioinformatique. Pour remédier à cette situation il est essentiel de créer des mécanismes de rapprochement entre plate-formes et laboratoires de recherche en bioinformatique et modélisation. Cela permettrait la mutualisation des tâches de manutention et de développement de ressources, faciliterait le transfert de connaissances entre laboratoires et plate-formes et rapprocherait les modélisateurs et les bioinformaticiens des expérimentateurs.

Développement, visibilité et maintenance des ressources. Les nouvelles technologies produisent des volumes de données énormes qui posent de plus en plus de problèmes de stockage, d'intégration, de mise à jour et d'analyse. Il est devenu inefficace, voire impossible, de gérer ces données exclusivement au niveau des unités de recherche. Il faudra penser à une hiérarchie géographique de solutions en fonction des besoins. Une consultation nationale sur les moyens de calcul et de stockage en concertation avec l'Institut Français de Bioinformatique et le GIS France Grilles permettrait de dégager les besoins. L'Institut Français de Bioinformatique en coordination avec des projets internationaux devra jouer un rôle important dans la diffusion et la maintenance des logiciels, bases de données et ressources informatiques.

Logiciels. Il faut accroître la reconnaissance de l'activité de développement logiciel qui contribue à rendre plus visible la production scientifique. Promouvoir en France une meilleure culture du logiciel libre permettrait aussi de mieux s'inscrire dans l'environnement international, d'accéder à de nouveaux financements et d'obtenir plus de visibilité pour les développements méthodologiques. De façon générale, il existe un besoin d'appui informatique pour viabiliser les développements logiciels et promouvoir leur diffusion, voire leur industrialisation. Cela pourrait se faire sous la forme de mise à disposition d'ingénieurs en informatique pour des projets à durée déterminée.

Renforcer la capacité de la CID 51 à promouvoir l'interdisciplinarité. Actuellement les CIDs sont sous-utilisées car elles ne participent pas aux comités de visite des laboratoires et elles font très peu d'évaluations. Il est sans intérêt de multiplier les évaluations systématiques, mais des mécanismes devraient être créés pour solliciter les CIDs pour certaines évaluations pointant des problèmes dans des équipes interdisciplinaires (en faisant attention à ne pas augmenter inutilement la charge liée à l'évaluation). La CID51 devrait pouvoir participer aux évaluations pour les promotions de niveau DR1 et supérieur. Enfin, une vraie articulation des activités des CIDs et de la mission pour l'interdisciplinarité permettrait une action plus efficace des deux structures.